Ubiquitin (Ub) ada di mana-mana. protein kecil ini, 76-residue digunakan untuk menandai protein seluler untuk terurai oleh sistem ubiquitin proteasome (UPS).Ub ligase dan enzim deubiquitylation (DUB), bertanggung jawab untuk menempatkan dan melepaskan unit Ub ini dan mengendalikan populasi protein keseluruhan sel.dan disregulasi dapat menyebabkan serangkaian hal burukDengan demikian, memahami hubungan antara aktivitas DUB atau Ub ligase dan penyakit tertentu akan membantu dalam merancang inhibitor atau intervensi terapeutik lainnya.sejumlah probe berbasis Ub untuk profil protein berbasis aktivitas (ABPP) telah dikembangkan, biasanya melibatkan tag afinitas, seperti hemagglutinin (HA) atau biotin, pada ujung N dan hulu ledak elektrofilik pada ujung C, seperti propargylamide (PA), vinil metil ester (VME),atau dehidroalanine (Dha)Namun, banyak dari probe ini terbatas pada percobaan dengan protein rekombinan yang dimurnikan atau lisat sel karena penetrasi sel yang buruk.Probe benar-benar perlu dapat memasuki sel dan bereaksi dengan enzim intraseluler untuk mendapatkan informasi yang paling berguna untuk penargetan obat dan upaya lainnya.

• Rantai ubiquitin dengan panjang dan jenis yang berbeda dapat diterapkan pada fungsi biokimia seperti interaksi dan aktivitas enzim serta studi biologi struktural kristal,Mikroskop elektron dan Resonansi Magnetik Nuklir.
• Sonde cross-linking yang berasal dari ubiquitin dapat digunakan untuk mendeteksi protein yang berinteraksi yang tidak diketahui dari sel normal atau yang sakit dan target baru untuk pengobatan penyakit.
• Probe fluoresensi yang berasal dari ubiquitin dapat digunakan untuk menganalisis aktivitas dan spesifisitas deubiquitinase dan skrining dengan throughput tinggi dari inhibitor deubiquitinase.